Los años 60 fueron años complicados a pesar de que se iniciaron con dos victorias en 1960, la Liga de 1960 y una Copa de Feria, que podríamos considerar como el antecedente de la Europa League, también en 1960. Sin embargo la derrota en la final de la Copa de Europa de 1961 llevó al club a una crisis y durante esta década el Club no terminó de encontrar su nueva identidad tras la salida de Herrera y Luis Suarez.